Two Rakats Namaz for honoring the Masjid is to be recited in the following way:
In every rakat after Surah Hamd recite Surah Qulhuwallaho Ahad seven times. In the Ruku recite the Zikr-e-Ruku (SUBHAANA RABBEYAL A'ZEEME WA BE HAMDEHI) seven times, in the Sajdah recite Zikr-e-Sajdah (SUBHAANA RABBEYAL A'ALAA WA BE HAMDEHI) seven times.
Then there is a two-Rakat Namaz-e-Imam-e-Zamana (a.s.). It is recited in the following manner.
اَللّٰهُمَّ عَظُمَ الْبَلٓائُ وَ بَرِحَ الْخَفَآئُ وَ انْكَشَفَ الْغِطَائُ وَ ضَاقَتِ الْاَرْضُ بِمَا وَسِعَتِ السَّمَآئُ وَ اِلَیْكَ یَا رَبِّ الْمُشْتَكیٰ وَ عَلَیْكَ الْمُعَوَّلُ فِی الشِّدَّۃِ وَالرَّخَآئِ اَللّٰهُمَّ صَلِّ عَلٰی مُحَمَّدٍ وَ اٰلِ مُحَمَّدٍ الَّذِیْنَ اَمَرْتَنَا بِطَاعَتِهِمْ وَ عَجِّلِ اللّٰهُمَّ فَرَجَهُمْ بِقَآئِمِهِمْ وَ اَظْھِرْ اِعْزَازَهٗ یَا مُحَمَّدُ یَا عَلِیُّ یَا عَلِیُّ یَا مُحَمَّدُ اِكْفِیَانِیْ فَاِنَّكُمَا كَافِیَایَ یَا مُحَمَّدُ یَا عَلِیُّ یَا عَلِیُّ یَا مُحَمَّدُ اُنْصُرَانِیْ فَاِنَّكُمَا نَاصِرَایَ یَا مُحَمَّدُ یَا عَلِیُّ یَا عَلِیُّ یَا مُحَمَّدُ اِحْفَظَانِیْ فَاِنَّكُمَا حَافِظَایَ یَا مَوْلَایَ یَا صَاحِبَ الزَّمَانِ یَا مَوْلَایَ یَا صَاحِبَ الزَّمَانِ یَا مَوْلَایَ یَا صَاحِبَ الزَّمَانِ الْغَوْثَ الْغَوْثَ الْغَوْثَ اَدْرِكْنِیْ اَدْرِكْنِیْ اَدْرِكْنِیْ اَلْاَمَانَ اَلْاَمَانَ اَلْاَمَانَ۔